根据受体与配体相互作用的互补性特征,优势结构反映了与不同受体的结合位点具有共性特征。在尺寸大小、互补性和某些基团或片段的结合上,不同的受体蛋白对优势结构有更多的容纳性,可能是生物在进化过程下,通过自然选择产生的受体保守区,或者是常见的蛋白二级结构,如β-折叠(β-turn)、β-转折(β-strand)具有共性的缘故。优势结构除了作为药物特异性的化学支撑,其本身也可能影响药物分子的特异性。例如在对A族GPCR配体的优势结构研究中发现,受体保守结合腔仅能容纳优势结构的一部分,而优势结构与非保守区的相互作用则在一定程度上反映了受体作用的特异性。
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