常用的研究蛋白质相互作用的方法有酵母双杂交、亲和层析、免疫沉淀、蛋白质交联等。其中酵母双杂交由于无需分离纯化蛋白质,是一种在细胞内检测蛋白质相互作用的技术,从而成为大规模高通量分析蛋白的主要方法。DNA‐BD的作用是与特异的启动子结合,AD的作用是引导RNA聚合酶Ⅱ复合物,两者靠近并协同作用,才能使DNA结合位点下游的基因得以转录。如果将待测蛋白之一与DNA‐BD融合,蛋白之二与AD融合,若待测的两种蛋白有相互作用,则DNA‐BD和AD靠近并激活报告基因的转录,借此可研究蛋白质间的相互作用。尤其值得指出的是,酵母双杂交所获知的只是蛋白质存在相互作用的一种可能性,还需通过进一步的生物化学试验加以确定和排除。
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