大多数(而不是所有的蛋白质)都因水解作用而被代谢。水解酶不仅遍及整个机体,而且在自然界多处存在,因此,蛋白质有很大量的潜在代谢部位。蛋白质和多肽类药物一旦进入体内,可被诸多肽酶水解。主要是水解肽键的内肽酶(裂解分子内肽键)和外肽酶(主要作用于蛋白质的N或C末端)。主要包括α‐半乳糖苷酶、β‐半乳糖苷酶A、β‐葡萄糖脑苷脂酶、α‐L‐艾杜糖苷酶和α‐甘露糖苷酶。另外,还有一些蛋白质类药物会被某些特殊的蛋白酶所降解。恒河猴给予γ‐干扰素后,在血液循环中存在它的片段已被证明。组织中蛋白水解酶活性可能是皮下注射给药后蛋白质损失的原因。
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