除了应用在新药设计以及药物筛选之外,生物信息学还可以被更多的应用在临床个体化用药中,这也为药物的合理使用提供了更大的保障。对于一个药学工作者以及医院药学服务而言,核心就是为患者提供更加合理的、更加个体化的用药指导,从而使药品发挥最大的治疗作用并减少可能的不良反应。除了分子生物学、生物信息学和基因组学等学科的参与,如何更加科学有效地指导临床个体化用药还需要多学科的交叉和合作,而要在此基础上达到个体化用药的目标,还面临不少严峻的挑战。而近来兴起的蛋白质组学( proteomics )的研究目标,是确定所有的机体内蛋白质及蛋白质间的相互关系,它的发展也有望为临床指导个体化用药做出重大贡献。
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