分子动力学(molecular dynamics,MD)是在原子、分子水平上求解多体问题的重要计算模拟方法。自1970年起,由于分子力学的迅速发展,力场的不断开发,随之建立起许多适用于生化分子体系、聚合物、金属与非金属材料的力场体系,使得计算复杂系统的结构与一些热力学与光谱性质的能力及准确性大为提高。分子动力学模拟就是应用这些力场及根据牛顿力学原理所发展起来的计算方法,目前已成为结构生物学、分子生物学、生物物理、计算化学、药物化学、流体力学、材料和纳米研究领域中的重要理论工具。