计算机辅助药物设计方法包括3类。随着细胞生物学、分子生物学和结构生物学的发展,越来越多的药物作用靶标分子(蛋白质、核酸、酶、离子通道等)被分离、鉴定,其三维结构被阐明,为直接药物设计方法的应用提供了有利的条件。基于机理的药物设计,是在基于结构的药物设计基础上,进一步考虑了药物与受体的动态结合过程,药物对受体构象的调节以及药物在体内的传输、分布和代谢。基于机制的药物设计兼顾了药物在体内作用的各个方面,可以选择性地阻止疾病发生和发展过程中最关键的病理环节,设计出高效、低毒副作用的特异性药物。