一般认为吡喹酮仅对扁形蠕虫(吸虫和绦虫)有效,而对线虫和原虫感染则无治疗作用。但近年有多篇关于用吡喹酮或吡喹酮与阿苯达唑合用治愈蓝氏贾第鞭毛虫(简称贾第虫)感染的报道。曾用吡喹酮总剂量为60 mg·kg-1的2日疗法(4次分服)治愈1例贾第虫感染者。在致Lancet期刊的信函中提到,在墨西哥的2个流行村用单剂吡喹酮5 mg · kg - 1对链状带绦虫囊尾蚴病进行集体化疗和健康教育,治后6~12个月粪检考核疗效,发现这2个村的溶组织内阿米巴和贾第虫感染病例数明显减少。但未进行吡喹酮治疗,仅作健康教育的村,此2种原虫的感染未见减少。
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