双杂交系统的改进基于某些待测蛋白本身能够激活聚合酶Ⅱ(Pol Ⅱ)的转录,因此,Marsolier等又开发出新型的利用聚合酶Ⅲ(Pol Ⅲ)启动子的系统。蛋白X与Gal 4的BD组成融合蛋白,蛋白Y与TF Ⅲ C的其中一种突变体组成融合蛋白,这种突变体不能与DNA结合,但仍然保持引导TF Ⅲ B与DNA结合的能力。当蛋白X与蛋白Y发生相互作用时,结合在蛋白Y上的TF Ⅲ C就可以引导TF Ⅲ B结合到DNA上并激活报告基因的转录。当蛋白X和蛋白Y发生相互作用时,突变的Nub能够与Cub重新组合成具有活性的泛素,切断和释放报告蛋白。
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