在发病早期(治疗前)采集黏液脓血便作床边接种,如不能及时接种可置甘油保存液或卡-布运送培养基内送检。凡生化反应符合志贺菌属者均需作血清学鉴定,可先用志贺菌属4种多价血清(A群1,2型、B群1~6型、C群1~6型及D群)作玻片凝集试验,凝集者进一步作定型鉴定。我国现有的定群及定型诊断血清包括痢疾志贺菌1型和2型血清,福氏志贺菌(1~6型)血清,鲍特志贺菌(1~6型)及宋内志贺菌血清。R型菌落不能被S型血清所凝集,因此宋内志贺菌的诊断血清应同时含有S及R两种因子血清(I相和Ⅱ相)。最常见且抗原结构最复杂的是B群,可用分型血清进行菌型鉴定。还可用PCR技术直接检测产毒基因(SLT Ⅰ和SLT Ⅱ)。
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