核糖体RNA基因编目法的主要原理是什么？

答：核糖体RNA基因编目法，通过分析比较不同物种的核糖体RNA基因序列四种不同碱基的组成和顺序，确定其在自然演化过程中的地位并进行分类。该方法先假设所有菌种均来源于一共同的细菌祖先，然后通过对菌种的核糖体RNA基因序列的比较得到一个推定的祖先序列，再根据其与假定的祖先序列差异和相似性构建一个能反映细菌种系发生关系的系统发生树，推测不同菌种的生物演化过程，最终根据其进化的顺序和时间进行分类。