[文献资料]四、模型的优化

当我们采用一定的力场及相应的构象搜索法得到低能构象时，这些低能量构象往往不是一个，因为在构象搜索过程中会保留下来大量的被认为是好的构象。接下来的问题如何对这些模型进行优化。模型优化的主要含义是从众多的现有预测模型中寻找与天然构象最接近的预测模型。其基本算法如下：1 ﹒对所有的模型进行两两比较，计算出每两个模型之间的RMSD值。2 ﹒选定一个RMSD阈值，并对每个模型与其他模型相比时小于这个阈值的个数计下来。假设我们这里选的阈值为3.0，则由表10‐8可以看出在这8个模型中，小于3.0的最多模型数的模型为1与2。所以我们建议在从头预测法的最后模型优化中，将最邻近的模型个数换成平均相似性。