五、序列拼装及缺口填补

基因组大、小片段文库构建好以后，用文库中载体的通用引物对每一插入片段进行双向测序，从而得到一定的测序覆盖率。这里所用的测序方法是传统的全基因组鸟枪测序法用到的链终止法，即Sanger法。接下来讨论的序列拼装所用到的序列也是以Sanger法测序得到的数据。而以GS 20系统进行全基因组鸟枪测序的拼装与此不同，本章分开进行讨论。在序列组装时，基因组中存在的大量重复序列会给序列的正确组装带来很大的麻烦，造成错拼，而避免重复序列造成的错拼的方法之一是提高单个read的读长，使它能够跨越重复序列，目前的测序仪最长的 ......