基因芯片测序采用的是杂交测序(SBH)的原理。该技术包括:未知序列的DNA与大量的短链寡核苷酸探针杂交。用它与一组8个碱基完全排列组合的寡核苷酸探针群混合杂交。针对不同的靶标序列,设计合成不同形式的探针阵列。针对病原微生物基因组的特征性片段、染色体DNA的序列多态性、基因变异的位点及特征等,设计和选择合适的核酸探针并制成芯片。但要使基因芯片成为实验室研究或临床可以普遍采用的技术仍有一些关键的问题亟待解决,提高基因芯片的特异性、重复性、简化样品制备和标记操作、增加信号检测的灵敏度、优化扫描条件和检测设备等, ......