在口腔微生物群体研究中已经得到广泛应用的开放式的研究方法(比如说不能筛选出特定物种)是16SrRNA基因克隆文库技术。16SrRNA基因是在大肠杆菌中进行克隆扩增的,克隆的结果用桑氏测序的方法进行测序。最近,通过利用这种技术,已经有近百种优势菌种在口腔龋洞中被检测出来,而且新一代的测序技术显示正待检测的口腔微生物的菌种已经所剩不多了。新一代测序技术(例如454焦磷酸测序技术)与常规的桑氏检测技术不同,不同点在于这种技术并不包含克隆步骤但是很重要的是这种技术可以通过仅仅一次测序就可以获得大量的16SrRNA ......