自从林奈提出了分类系统理论(system of taxonomy)和达尔文提出了生物进化论(theory of evolution),比较和分类的研究已经成为生物学的中心支柱。最基础的科学知识是生物规律和模式的比较,即实体间的比较,例如,比较基因、细胞、有机体、种群、物种等,从而发现它们的相似特征和差异特征。例如,两个基因的序列或结构可以直接(通过序列的对其比较算法)相比,同样的功能方面的比较也是如此,不同的是,序列和结构有一个客观的代表性和可衡量的特征,而功能方面却没有这样的特征,但这并不意味着功能比较 ......