常见的标志有:①抗生素抗性基因,包括用于细菌重组子筛选的抗生素抗性基因(如ampR、tetR、卡那霉素抗性基因kanR、氯霉素抗性基因chlR等)、用于哺乳类细胞阳性克隆筛选的抗生素抗性基因(如新霉素抗性基因neoR、潮霉素抗性基因hygR等)。酶的编码基因,包括大肠杆菌β-半乳糖苷酶N端146个氨基酸(α肽)的编码序列(用于蓝-白筛选)、二氢叶酸还原酶基因dhfr(可用氨甲蝶呤筛选)、tk(可用氨基蝶呤+次黄嘌呤+胸苷联合筛选。口蹄疫病毒)、HSV(11肽序列)、GST、SPA(葡萄球菌蛋白质A)、MB ......