三、短序列在参考基因组上定位

以下分六个步骤将转换成fastq格式的短序列文件定位到参考基因组上。从运行结果可以看出短序列匹配到参考基因组上的比率分别为82.82%和53.15%。文件第1列是ID和长度信息，第2列表示匹配在正链（+）还是负链（-）上，第3列表示匹配的染色体，第4列表示匹配的起始位置，第5列是Read序列，第6列是质量数，第7列表示有多少条序列以相同的错误率匹配在该位置，0表示这条Read是该位置的最佳匹配。2 . fastq SRR192333 . sam，其中参数-I表示paired end所测两序列的最短距离（含 ......

——《生物信息学理论与医学实践》

书名：《生物信息学理论与医学实践》

栏目：生物信息学理论与医学实践 > 第六章新一代测序数据分析 CHAPTER 6 NEXT-GENERATION SEQUENCING DATA ANALYSIS > 第五节研究实例：基于新一代测序技术的癌症组学研究

作者：李霞

参编：张岩，陈秀杰，陈丽娜，王艳秋，刘磊

页码：272-275

版本：1

出版社：人民卫生出版社

出版时间：2013-01-01

▲ [发病机制]第二节 Tamm‐horsf all蛋白

▼ 管理手段和工具（management means）