（二）5′UTR区、VP4区、VP2区和3D编码区

最初的RT‐PCR检测主要针对5 ′非编码区（5 ′ UTR）来设计引物，该区域的属特异性可以区分肠道病毒和其他小RNA病毒，但与血清型之间的相关性不高。VP1基因和VP4基因均可提供相似的系统发生学信息，而VP1区域较高的bootstrap值的可靠性更高。Lin等对含207bp的VP4区片段进行扩增测序，分析了我国台湾地区不同时期的EV71病毒的主导基因亚型的同源性。C4亚型第9位核苷酸为鸟嘌呤（G）而第48位为腺嘌呤（A）。由于VP4是病毒内侧的衣壳蛋白，可能并未像VP1～VP3那样受到免疫选择的压力 ......