多种化疗方案被试用于残留、复发的以及转移的GIST,但不论是多柔比星、异环磷酰胺、丝裂霉素、达卡巴嗪、依托泊苷、顺铂及其他细胞毒药物单药还是联合化疗,客观有效率均< 7%。对于肝脏转移引起的出血肝动脉栓塞是首选。