文献报道的多部位感染病原体包括细菌和真菌,其中以细菌居多占76.3%。革兰阴性杆菌中鲍曼不动杆菌占28.89%,大肠埃希菌占28.64%,铜绿假单胞菌占18.27%,肺炎克雷伯杆菌占12.35%。革兰阳性球菌中金黄色葡萄球菌占49.11%,粪肠球菌占20.71%,表皮葡萄球菌占11.24%。真菌中以白色念珠菌(又称白色假丝酵母菌)较为多见,此外,还有热带念珠菌、光滑念珠菌、近平滑念珠菌、克柔念珠菌及曲霉菌等。以往人们普遍认为白色念珠菌也是引起AAD的病原体之一,但近期的研究表明,AAD患者中白色念珠菌的增多仅仅是腹泻的一种伴随现象,是抗菌药物引起菌群失调的结果,而不是引发AAD的病原菌。
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