在易感患者,先是抗原损伤黏膜的通透性,使抗原得以被吸收,产生IgE,与肥大细胞表面的Fc受体结合,肥大细胞在再度与抗原相接触时,脱颗粒,释出组胺、过敏性的嗜酸性粒细胞趋化因子、血小板激活因子和LTB4等,吸引嗜酸性粒细胞的局部浸润,释出毒性颗粒损伤组织。慢性炎症、溃疡病、霍奇金淋巴瘤、Crohn病、癌、寄生虫感染均可出现,但程度不重,其他的慢性炎性疾病还经常可见组织细胞和浆细胞浸润。但目前较多学者将有关寄生虫感染史尤其是蓝氏贾第鞭毛虫、蛲虫等作为诊断本病的一个重要条件之一。但长期未得控制者,有可能发展至高嗜酸性粒细胞综合征,则预后不良。
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