化学降解法与包括合成反应的链终止法不同,需要对原DNA进行化学降解。其基本原理是,首先对待测DNA末端进行放射性标记,再通过5组(也可以是4组)相互独立的化学反应分别得到部分降解产物,其中每一组反应特异性地针对某一种或某一类碱基进行切割。因此,产生5组(或4组)不同长度的放射性标记的DNA片段,每组中的每个片段都有放射性标记的共同起点,但长度取决于该组反应针对的碱基在原样品DNA分子上的位置。此后各组反应物通过聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离,通过放射自显影检测末端标记的分子,并直接读取待测DNA片段的核苷酸序列。如果做了A > C反应,在该列中出现较强的条带时,可帮助A的确定。
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