为了提高亲和层析的效果,通常希望固定相的配基与流动相的配体具有较强的亲和力。其亲和力大小除由亲和对本身的解离常数决定外,还受许多因素的影响,其中包括亲和吸附剂的微环境、载体空间位阻、配基结构以及配基和配体的浓度、载体孔径等。有时亲和对两物质间原有的亲和力有影响,但当其一方制成亲和吸附剂时,与相应配体的亲和力肯定会完全丧失。例如,对分子量较小的葡萄糖菌核酸糖,用Sepharose4B制得的吸附剂,比用Bio‐Gel P‐300制得的有较高的亲和力。如AMP衍生物借助含肽键和羟基的亲和“手臂”与Sepharose4B连接制成的吸附剂完全不能与依赖于NAD +的脱氢酶亲和结合。
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