可用作毛细管电泳手性选择剂的蛋白质有:牛血清蛋白(BSA)、人血清蛋白(HAS)、卵黏蛋白、纤维素酶、α‐酸性黏蛋白等。通常将蛋白质加入缓冲液中,也可键合到凝胶、硅胶微粒、糊精聚合物上。蛋白质直接加入缓冲液时,有机溶剂显著影响分离,可能因为有机溶剂使蛋白变性,改变了蛋白质与异构体的亲和作用,或是有机溶剂改变了蛋白质与异构体在缓冲液中的迁移情况。另外,温度改变也对分离有较大影响,升温可改善重现性、提高柱效,但加热时间超过1d后,蛋白质会失去手性选择性。