正常的胆汁是无菌的,当机体抵抗力下降、防御机制被削弱,在某些致病因素(如梗阻、操作过程污染、Oddi括约肌切开或胆肠吻合等)诱导下,细菌可到达胆道和(或)肝脏,引起感染。在胆源性菌血症中,大肠埃希菌占一半以上,其次是肠杆菌和非发酵菌(铜绿假单胞菌、不动杆菌)等,拟杆菌占20%左右,梭状芽孢杆菌占6%。肠球菌作为胆道感染主要致病菌的机会不多,但如临床上感染不易控制,且肠球菌反复在培养中出现、尤其在血中出现时,应考虑肠球菌是主要的致病菌。