研究中违背试验方案的要求会引起许多问题:管理当局进行视察时会以违背试验方案发生的情况来衡量研究以及临床试验中心质量的现状。申办者有时会对违背试验方案的研究者采取经济处罚,如拒付未按要求入组的受试者数的研究经费等。