动物、植物、微生物和海洋生物的次级代谢产物以微量的水平维持机体的生理功能和生化平衡,保护自身免受环境侵袭以及维持种群的繁衍。动物体内的神经递质和激素都是天然产物,例如乙酰胆碱、(去甲)肾上腺素、5-羟色胺、褪黑素和组胺等小分子胺类是氨基酸脱羧、氧化生成。虽然这是地道的基于天然产物的结构改造,限于篇幅本章不拟进行讨论,仍讨论传统概念上的天然产物。