可用药物保留灌肠,如用0.5%卡那霉素或0.3%小檗碱或5%大蒜液每次100~200ml,每日1次,10~14天为一疗程,有效可重复用。慢性菌痢长期应用抗菌药物者,易出现肠道菌群失调,可用乳杆菌或双歧杆菌制剂进行纠正。