在后基因组时代(即功能基因组时代,以蛋白质和药物基因学为重点),通过蛋白质组学的研究,在越来越多了解有效成分作用靶点、调控规律的基础上,可以用监控细胞蛋白表达差异或体内代谢方向的方式研究濒危中药材的相关替代,促进中药材的充分合理利用。另外,因为绿色开花植物的基因组之间具有相似性,利用植物研究中的基因组技术,从众多临床常用的中药材中,选取一些具有代表性药材特征的范例,作为研究某一应用领域的模式植物,进行植物功能基因组研究,也可以为深入道地药材的科学种植等相关研究提供有利的科学依据。