亚细胞蛋白质组学的上游研究技术是亚细胞结构的提取和纯化。在细胞生物学上,亚细胞结构的提取已经有很长的历史了,而且很多亚细胞结构的提取已经很成熟,与后来出现的蛋白质组学的结合,促进了亚细胞蛋白质组学的诞生。由于许多亚细胞结构的密度不是定值,而是一个范围,而且几个细胞器如细胞质膜、轻线粒体、高尔基体、内质网和过氧化物酶体的密度很接近。由于各个亚细胞结构本身性质的相近性和结构功能上的内在联系,亚细胞结构的分离和纯化一直以来是细胞生物学家的一大挑战,所以,亚细胞结构的分离和纯化仍然有很大的发展空间。
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