[文献资料]二、蛋白质序列比对方法的统计显著性

从前面几种序列分析方法我们知道：当比对得分越高，则这两个序列越相似，表现。如果某个比对得分为S，与这个比对相同序列长度的随机序列比对得平均值为u，对应的标准偏差为σ，则Z值的计算为：10‐。在实际序列比对中，通常是确定待比对两个序列的长度，然后根据其长度及表10‐1的背景概率，由计算机产生一定量（通常是大于10000对）的序列对，应用局部比对法进行比较计算出相应的得分值，根据这些得分值计算出其平均值和标准偏差。总之，序列比对的统计显著性在生物大分子序列分析中非常重要，因为根据它可判断两个比对的质量。值得说明的是，序列的局部比对中得分的极值分布是从无空段比对（ungapped alignment）中推导得出的结论。