多肽的一级结构是指肽链中氨基酸的种类、数量及序列。一级结构的测定主要是了解组成多肽的氨基酸种类、各种氨基酸的相对比例并确定氨基酸的排列顺序。本方法的特点是:除多肽N端的氨基酸外,其余氨基酸会保留下来,可连续不断地测定其N端氨基酸。在Sanger法中,2,4‐二硝基氟苯与氨基酸N端氨基反应后,分离出N‐二硝基苯基氨基酸,用色谱法分析,即可确定N端氨基酸。换言之与肼反应后仍具有游离羧基的氨基酸就是多肽的C端氨基酸。使二硫键还原断裂常用过量的硫醇如2‐巯基乙醇,1,4‐二硫苏糖醇/1,4‐二硫赤藓糖醇(cleland试剂)处理,产生的游离硫醇基通过碘乙酸的烷基化作用封闭,以阻止其在空气中再次氧化。
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