梯度洗脱的最大缺点是其重现性差,为获得理想的梯度洗脱分离效果和良好的重现性,在实验中必须考虑以下问题。一个周期梯度洗脱结束时,流动相的组成与梯度洗脱起始时已大不相同,为了进行下一次梯度洗脱,必须用起始流动相对色谱柱彻底平衡后,再重新开始梯度洗脱。在梯度洗脱中,有机溶剂B的浓度逐渐增加,通常有机溶剂如甲醇的紫外吸收大于水的吸收,因而若在梯度洗脱中使用紫外检测器,基线向上漂移是很普遍的现象,检测波长较低时这种现象更为严重。