蛋白质的合成和降解是维持细胞生命的基本要素。虽然溶酶体(lysosome)降解蛋白质和其他细胞成分的作用很早就被人们所熟知,但细胞内蛋白质降解的研究在八十年代才逐渐被重视。细胞内蛋白质的半衰期长短从几分钟到几天不等,一般认为短半衰期的蛋白质由蛋白酶体降解,长半衰期的蛋白质由溶酶体降解。内质网有个质量控制系统(quality control)监督新合成的蛋白质,只有形成正确构型的蛋白质才能到达它们的目的地,那些没有形成正常构型的蛋白质将留在内质网内进行修复或被降解掉。