二、蛋白质结构与功能关系数据库

蛋白质结构与功能关系数据是进行蛋白质功能预测及蛋白质设计的基础。目前已有一些蛋白质结构与功能关系的数据库，如PIR、Pfam和InterPro等。Pfam（the protein families database）是通过自动比对构建的蛋白质结构域家族数据库，它收集了大量的蛋白质多重序列排布以及HMMs（profile hidden Markov models）文件的数据，将具有结构相似性的序列归为一类，可用类的名称查询到原始序列比对信息。另外，Pfam还包括蛋白质的功能注释、参考文献以及与其相应家族信息 ......