肺炎的病原体因宿主年龄、伴随疾病与免疫功能状态、获得方式(CAP或HAP)而有较大差异。CAP的常见病原体为肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌、化脓性链球菌、军团菌、厌氧菌以及病毒、支原体和衣原体等,而HAP中则以铜绿假单胞菌与其他假单胞菌、肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌、阴沟与产气肠杆菌、变形杆菌、耐甲氧西林金葡菌(MRSA)和真菌等常见。吸入性肺炎大多数为厌氧菌感染。细菌入侵方式主要为口咽部定植菌吸入(aspiration)和带菌气溶胶吸入(inhalation),前者是肺炎最重要的发病机制,特别在医院内肺炎和G -杆菌肺炎。
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