逆合成分析法属于“理性”合成分析方法,但在实际工作中由于拆解步骤过长使得路线设计的产率和效率降低。另外许多化学反应比较复杂,特别是客观存在许多难以预料的副反应和重排反应,因此按逆合成分析法得到路线可能未必是最佳的合成路线,某些未应用逆合成分析方法所得到合成路线可能也会成功。因此复杂药物分子的合成路线设计常需要和其他方法联合使用。纵向合成分析法”的提出,有效地补充了“逆合成分析法”的不足,也为组合化学的发展提供了新的动力。