少量甲氨蝶呤及其代谢产物可以结合型形式贮存于肾脏和肝脏等组织中长达数月,在有胸腔或腹腔积液情况下,本品的清除速度明显减缓。先用或同用时,与氟尿嘧啶有拮抗作用,如先用本品,4~6小时后再用氟尿嘧啶则可产生协同作用。本品与门冬酰胺酶合用也可导致减效,如用门冬酰胺酶者10日后用本品,或于本品用药后24小时内给门冬酰胺酶,则可增效而减少对胃肠道和骨髓的不良反应。