除非有复杂的因素(例如有泌尿道梗阻),泌尿道败血症是相对少见的。在这种情况下,因为压力增大,感染极容易发生,从而产生高水平的菌血症,并增加败血症休克的危险。初始的经验治疗方案包括用广谱抗生素治疗(通常是广谱的喹诺酮类抗生素,或者高级的β内酰胺类抗生素,如头孢他啶、氨苄西林‐舒巴坦钠、替卡西林‐克拉维酸、氨曲南或亚胺培南),和缓解梗阻的药物联用。现在医院获得性菌尿的常见病原体包括肠球菌、铜绿假单胞菌,以及相对耐药的肠道细菌,如肺炎克雷伯杆菌、变形菌属、大肠杆菌、沙雷菌属和念珠菌属。