近来的一些研究已经明确了6‐巯基嘌呤的药理作用与继发肿瘤发生率之间的相互关系,包括化疗后的脑瘤。在St Jude的研究中,存在有高发生率的脑瘤,特别是在那些接受了预防性的颅内照射者中。在6个患有继发脑瘤的儿童中,4个儿童的红细胞TGN浓度比同龄组高出了70%,3个有TPMT缺陷。在8年中,TPMT缺陷的儿童中的脑瘤发病率是42.9%,而在野生型TPMT病人中只有8.3%。这些数据也说明在低TPMT活性的病人中使用6‐巯基嘌呤有增加患白血病的危险。