专利权人就侵权行为提起诉讼虽不如相互协商和行政救济方式那样较灵活、较快捷,但是人民法院的生效判决具有强制力,是保障专利权的最终救济途径。在专利权被授予后,专利权人发现他人有侵犯专利权的行为,在诉讼时效内就可以提起诉讼,要求侵权人停止侵权行为并赔偿损失。对于涉及药品的发明,专利权人在获得认定构成侵权的生效判决后,除了常规的执行程序以外,还可以根据《药品注册管理办法》中的规定,要求国家食品药品监督管理局注销侵权人的药品批准文号,使得侵权药品无法在我国市场上销售,起到制止侵权行为的作用。