尽管理论上反义药物可以设计成对应靶RNA任何部位的序列,但是作用于不同位点的反义药物在基因抑制效率上却有显著的差异。在选择最佳作用靶点特异性序列时,最重要的考虑方面是反义药物和靶RNA间的亲和性。用计算机程序(如mfold或RNAstructure)分析RNA的二级结构有助于反义药物作用靶位点的选择。这其中,硫代磷酸酯反义寡核苷酸因为抗核酸酶能力高和能诱导RNase H的功能而成为最成功的反义药物,被用于基因沉默。总之,通过对反义药物的药代动力学的研究来改进药物剂型,选择最佳给药途径、最适剂量和给药周期,提供高特异、高效、速效、长效、低/无毒副作用的反义药剂,是反义药物的发展方向。
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