在鉴定新的肽和蛋白、合成产物及从蛋白质水解液中分离出的肽时,氨基酸序列的信息非常重要。蛋白梯形测序(pro tein ladder sequencing),即对肽链N‐端进行测序的原理是:①使用少量链终止剂,进行快速分步降解,在人为控制下产生一系列肽段,其中每个肽段与下一个之间只相差一个残基。胰高血糖素、血管紧张素、胰岛素B链和肌红蛋白的测序可用肽链端解酶羧肽酶进行酶解,然后结合MALDI‐TOF MS监测C‐端蛋白。Ramsey等通过负离子质谱跟踪由亮氨酸和异亮氨酸衍生出的乙内酰苯硫脲的[ M‐H ] -离子,建立了区分肽中亮氨酸和异亮氨酸的方法。
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