二、系统发生树的基本概念及搜索方法

在研究从病毒到人类的各种生物的进化历史中，DNA或蛋白质序列的系统发育分析已经成为一个重要的工具。由于不同的基因或DNA片段的进化速率存在较大的差异，可以通过这些基因或DNA片段来估计几乎所有水平上的有机体间的进化关系。系统发育分析对于阐明多基因家族的进化关系，以及理解在分子水平上的适应性进化过程也是十分重要的。最大简约法在采用等位频率来重建人类种群间的关系时，研究者建议进化树的合理估计为进化总数的最小值，这种方法在应用于离散数据时被称为简约法，而最小进化法在今天被看作是对重复突变进行修正后支长总数最小化 ......