第二节 替换记分矩阵

上面提到，对于序列中的插入和删除突变，序列比对采用插入空格来处理，使得原本对应的字符仍旧能够对应。而对于序列中的替换突变，需要考虑不同替换的意义。在双序列比对中对于这类失配应该怎么记分（实际上是罚分）是本节的内容。对于DNA和RNA序列，情况特别简单，施用于4种碱基和6种彼此间替换关系的记分规则可用简单的替换记分矩阵来描述。对于蛋白质序列，因为蛋白质由20种氨基酸构成，且不同的氨基酸具有不同的理化性质，情况较为复杂，存在许多不同的替换记分矩阵。针对每个氨基酸对i和j,计算j被i替换的次数。图2-5 PAM ......