自然瓣心内膜炎的手术治疗主要是难治性心力衰竭。其他有药物不能控制的感染,尤其是真菌性和抗生素耐药的革兰阴性杆菌心内膜炎。化脓性并发症如化脓性心包炎、瓦氏窦菌性动脉瘤(或破裂)、心室间隔穿孔、心肌脓肿等。当出现完全性或高度房室传导阻滞时,可给予临时人工心脏起搏,必须时作永久性心脏起搏治疗。感染性心内膜炎患者是否行早期手术治疗尚有不同看法,有的文献认为,早期手术治疗有助于降低病死率。为了降低感染活动期间手术后的残余感染率,术后应持续使用维生素4~6周。