体内存在的蛋白肽酶可使相应的蛋白质和肽迅速失活,这是蛋白质肽类药物的主要代谢途径。链长小于8个氨基酸的小肽在肝中有较高的萃取率。经肾小球滤过的大分子蛋白质肽类药物通过胞吞和溶酶体降解而被清除,而经肾小球滤过的小分子蛋白质肽类药物则在近端肾小管刷状缘酶水解成氨基酸,被特异氨基酸转运系统吸收,也可能是先断裂成小肽,再转运至近曲小管上皮细胞内,在胞内水解。