操作脉冲场凝胶电泳PFGE时有哪些注意事项?

一、选取适当的参考菌株,所为适当,表示此参考菌株经由特定限制性内切酶切割后,应具备已知片段大小,且范围大小要涵盖测试菌株欲测定片段的最大与最小片段。由于胶体两侧及中间部分的电泳速度会有些差异,所以常将参考菌株或MARKER放在两侧及中间部分。

二、选取适当的限制性内切酶切割菌株后,其染色体要达到10个片段以上,且片段间能明确区分。

三、所得菌株分子图谱应以适当的软件加以存储,并且可以用不同的参数分析菌株间的同源性。

四、以PFGE推论菌株间同源性和流行关系时,要注意以下判断标准:①以PFGE评估院内感染时,通常对短期的感染比较有效,菌株数通常在30株;②菌株来源应分离自特定时间、标定明确的区域内,即确认具有流行病学关系后,方可用PFGE推论菌株可能来自相同来源;③若所观察的菌株均具有基因相关性,且相对应的患者总数超过该地区在同一时间发生率,则表示该地区由此致病菌导致的传染病突发,这种菌称为突发致病菌;④突发致病菌若分离自相同时期,且具有相同表现型和基因型,则可被推论为同源菌株;⑤同源菌株在特定健康照护机构或社区中被分离并证实菌株间PFGE条带无法区分或密切相关,可是无法直接证明其流行病学关系是,则可以推论为地方流行株。

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