如同病原微生物学其他领域一样,在临床标本中检测到病毒本身并不能代表它是病因。关于病毒致病的因果关系问题变得越来越敏感,以非培养为基础的检测方法,如PCR技术,可以揭示非常低水平的持续感染,甚至潜伏感染,而与患者当前疾病无关。另外用分子生物学方法可检测到一个特定病毒DNA编码,而该编码只有在活动性感染时才表达出某个结构或蛋白。