什么是rep-PCR?

答:rep-PCR是在随机引物PCR(PAPD)的基础上发展起来的一种新方法。RAPD是随机选择一个非特异性引物在不严格条件下使引物与目的DNA中许多序列通过错配而进行扩增,rep-PCR的引物不再“随机”,而是利用位于细菌DNA中的重复序列设计引物进行PCR扩增,采用的引物较长(10~20bp),退火温度高,减少了人为的差异,保证了重复性。原核生物基因组中用于分型的重复性序列主要有两种:基因外重复回文元件(repetitive extragenic palindromic elements,REP元件)和细菌内基因重复一致序列(enterobacterial repetitive intergenic consensus sequences,ERIC序列)。利用与保守的重复序列高度匹配的一致性寡核苷酸作为引物,扩增重复性片段之间的DNA序列,产生种或菌株特异性条带,此即rep-PCR。rep-PCR反应条件相对严格,重复性好,易于操作,适用于大量样本的分析,已广泛应用于肠杆菌科及其他革兰阴性及阳性细菌的分子分型。其分辨力较质粒图谱、REA、核糖体分型为高,与PFGE结果基本一致。但总的来讲,分辨力不及PFGE。rep-PER可与PFGE一样形成标准化格式,使不同实验室数据的交流、比较成为可能,显示出良好的应用前景。

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